Установить права только файлам или только директориям

Как правило, файлам и папка требуется разный набор прав: для файлов это 644 или 664, для папок 755 или 775. Конечно могут быть вариации, но в любом случае файлам, в отличие от папок, в большинстве случаев не следует давать право на выполнение.
Поэтому, когда вы рекурсивно меняете права в большой директории c большим количеством уровней вложенности, нужно это делать в два этапа.
Для файлов командой:

find /path/to/directory -type f -exec chmod 644 {} \;

Для папок командой:

find /path/to/directory -type d -exec chmod 755 {} \;